农业微生物学国家重点实验室、微生物国家重点检测中心、微生物国家级发酵工程室和华中农业大学在我国微生物学学科的奠基人、中国科学院院土陈华癸教授、工程院院土陈焕春教授等创建的微生物学国家重点学科基础上整合华中农业大学建设的校内外优势学科生物化学、分子生物学等相关高科技专题科研的璀璨结晶。是我国最擅于从基础研究到水处理应用且产学研成功实践的典范。微生物学国家重点实验室是我国微生物领域地位最高学术权威，2005年受中央政府、农业部、科技部和教育部等委托在武汉召开的世界湖泊大会前专题科研的水处理技术，定向处理污染水体微生态综合治理强化修复，快速实现水体自净，将高端科研成果转化为成功的实践。

我国特有的复杂广泛的污染环境给微生物国家重点实验室提供了几十年来深度研究的必要和样本。以水体和土壤重金属及废弃物转化、污水治理、生物质能源相关微生物和极端环境生物等为研究对象，研究其代谢途径和适应环境机理，发掘和利用相关微生物资源，重点解决环境污染和新能源开发的问题，开发的针对污染水体、养殖及村镇等分散式污废水、污废水厂尾水提标及人工湿地强化的高效复合微生物综合治理的国际领先国内独有技术，在多地多年成功应用。

微生物国家级发酵工程室致力于微生物技术的应用开发、科技转化等方向的研究与实践。主要研究方向包括：环境污染的微生物控制技术、益生菌的开发与应用技术，生物活性产物的分离与应用技术、工业酶制剂开发与改良技术、微生物高密度发酵技术及基因工程菌种改良技术的开发应用等，依托重点实验室先进的研究平台，发酵工程研究室在水体污染的生物控制技术、养殖水环境的改良、固体有机废弃物处理等方面积累了相当的科研成果和实际应用经验，井获得多项国家专利和专家鉴定。以微生物国家级发酵工程室的科研团队的微生物制剂高密度发酵技术处于国际国内领先地位，微生物国家级发酵工程室培育的高效复合微生物通过微生物国家重点检测中心检则认可。